用紙サイズ、向きがあっていれば、一度スキャナから取り込んで位置合わせすれば、次回からは位置合わせする必要がなくなるのですが、初回はそうしても少しずれてしまいます。
下絵位置合わせ（数値）であわせるのですが、その際に以下の方法であわせるとスムーズにできます。
まず設定で用紙サイズ、向きを設定します。
「編集」の「下絵位置自動合わせのクリア」を選びます。これで位置合わせが初期化されます。
次に
スキャナから、もしくは画像ファイルから下絵を取り込みます。下絵の枠の部分にマスを作ります。下絵の左上と右下くらい２箇所つくるといいでしょう。枠は「編集」の「マスの自動作成」で作成すると枠の大きさにあったマスが作成できます。
「選択」
でマスを指定し、右クリックメニューより、「選択物のプロパティ変更」を選びます。マスのプロパティで「マス枠を印刷する」にチェックを入れます。
実際にプリンタに用紙を設定して印刷してみます。
実際の印刷結果とマスの枠がどれだけずれているか定規などで測ります。
ずれている分を「編集」の「下絵の位置合わせ（数値）」
で位置をあわせます。これであとは普通にマス作成作業をしていけば完了です。２箇所マスを作成したのは、上のマスはマスの枠と下絵が上に２ｍｍずれているのに下のマスは上に５ｍｍなど、下絵のサイズが違えば、位置をずらしてもマスは合わないので、「下絵のサイズ合わせ（マウス）」をしなければなりません。
「下絵のサイズ合わせ（マウス）」はヘルプをご覧ください。